Ну, есть еще один -- крайне неприятный -- вариант. Невозможный у адекватных людей.
1. Если вы воспитываете котявку правильно;
2. если котявка здорова;
3. если с лотком и наполнителем все в порядке,
но животинка всё равно упорно гадит в комнатах, значит, кто-то из вас скверно с ней обращается и она объявила ему войну. Жутко боится, ненавидит и всё делает назло. Как вывести кошку из состояния войны, я не знаю.

А вообще, я бы в первую очередь предположил, что у вас не все в порядке с п.1.