Как бы я поступила?
Смысл верхних убежищ в том, что кошка туда свободно взлетает и никто ее там не трогает. Если кошка слепа и знает одно убежище - ванную, наверное, имеет смысл максимально освободить ей дорогу туда и обратно, и там ее никак не трогать (как в детской игре "я в домике"). Вторую кошку подпускать по мере узнавания.
Моя мелкая видит (ттт), но тоже паникер, чуть что причудится - пулей в норы :)) причем, сыпется кубарем со всех высот, приземляясь как придется.
Наберитесь терпения, приучайте ее к Вашему голосу, к звукам квартиры. Не бойтесь сами - она чувствует Ваш страх. Скоро она обвыкнется и будет знать, где какие углы и препятствия.