Для приучения к лотку уличных кошек многие используют клетки. Это удобнее, чем изоляция в ванной. Только клетка должна быть со всеми удобствами, с "крышей" и когтеточкой.
Кошак, живя в клетке всё и всех видет. А когда сходит в лоток - выпустить, дать "конфетку" и приласкать.
В Вашей ситуации, особенно в часы отсутствия, конечно кота надо закрывать в ванной и ставить два лотка.
Он обязательно привыкнет и освоится, но на это может уйти не один месяц. Попробуйте смягчить стресс коту с помощью феливея.